北京大学人民医院西直门院区位于北京市西直门南大街11号，白塔寺院区位于西城区阜成门内大街133号，始建于1918年，是一所集医疗、教学、科研为一体的三级甲等综合医院，是北京市医保定点医院，国家卫生计生委委管医院，北京大学附属医院，北京大学第二临床医学院，先后获得“全国卫生系统思想政治工作先进单位”、“全国医院（卫生）文化建设优秀成果奖”、“全国医院（卫生）文化建设先进集体”、“全国医药卫生系统创先争优活动先进集体”、“首都文明单位标兵”、“首都医药卫生文化建设先进单位”、“北京大学党务和思想政治工作先进集体”、“北京大学统战工作先进党委”等荣誉。

北京大学第三医院（简称“北医三院”）始建于1958年，是卫生部部管的集医疗、教学、科研和预防保健为一体的现代化综合性三级甲等医院。 现有在职职工2556人，开放床位1498张。医院设有34个临床科室、11个医技科室。拥有28个博士点、1个临床博士后流动站。在岗博士生导师55人，中科院院士1人、国家自然科学基金杰出青年基金获得者1人、科技部“973”首席科学家1人、教育部 “长江学者特聘教授”2人，1人入选国家级“新世纪百千万人才工程”，卫生部突出贡献专家6人。

北京大学第六医院(北京大学精神卫生研究所、北京大学精神卫生学院)是北京大学精神病学与精神卫生学的临床医疗、人才培训与科学研究基地，是世界卫生组织(WHO)北京精神卫生研究和培训协作中心，也是中国疾病预防控制中心的精神卫生中心。

北京大学肿瘤医院(北京肿瘤医院、北京大学临床肿瘤学院、北京市肿瘤防治研究所)始建于1976年，是一所由北京大学、北京市医管局共管的三级甲等肿瘤专科医院。

北京大学肿瘤医院设有34个临床科室，14个医技科室，17个基础研究科室,开放床位776张。全年门诊量66万人次，年收治病人7.8万人次，手术近1.6万例。医院职工近2400人，在编职工中正高级职称124人，副高级职称211人。

北京大学肿瘤医院有国家重点学科1个(肿瘤学)、国家临床重点专科2个(肿瘤科、病理科)、北京市重点学科4个(北京市胃癌防治中心、北京市乳腺癌防治中心、北京市影像介入治疗中心、超声诊断中心)、北京市中医管理局重点学科1个(中西医结合科暨老年肿瘤科)，全国名老中医药专家传承工作室1个，北京学者工作室1个，是恶性肿瘤发病机制及转化研究教育部重点实验室、恶性肿瘤转化研究北京市重点实验室。

北京大学口腔医学院是国家重点口腔医学院校，实行口腔医学院、口腔医院、口腔医学研究所三位一体的管理体制。 其宗旨是培养高等口腔医学人才，普及和提高口腔疾病的预防和治疗水平，承担国家级及教育部、卫生部有关科研项目。